発酵菌とはいろいろな種類、作用があります。
発酵菌全ての類はこの地球が生まれると同時（又は以前）に生息し進化を遂げていると予測されています。
一般的に知られているのは、酵母菌、乳酸菌、納豆菌、などを代表に数多く現在発見、有効利用されている優良細菌があります。
優良発酵細菌属類としてＥＭ菌と称されております。
ＥＭ菌とは、Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｍｉｃｒｏｏｒａｎｉｓｍｓの略名で、有用な微生物群という意味です。
好気性と嫌気性の微生物（主な微生物は、乳酸菌群（ビフィズス菌など）、酵母菌群（こうじ菌など）、光合成細菌群（クロレラ菌など）、発酵系の糸状菌群、グラム陽性の放線菌群 などをいいます。
これら数多くの微生物の働きが土壌中などで連動し合い相乗効果を発揮し土壌改善や水質改善、堆肥化促進、有機肥料分生成に繋がります。
発酵を促進されるよう環境を整えると、有機物中(土壌内）の有害細菌と称される雑菌を死滅させながら発酵分解され、植物や動物に吸収されやすい物質に変わり養分となり優良細菌の増殖に繋がり微生物豊富になります。
悪臭を放つ腐敗とは違い、有害細菌の増殖を止め、発酵菌が増殖、高温に発熱して雑菌を餌として死滅させ、分解します。
発酵菌と称される全ての優良細菌は土壌内に生息する有害細菌、有機物、空気中の微量物質を餌とし、増殖してあらゆる物質へと分解、生成していきます。
発酵、分解を繰り返し行われて肥料、肥料分となります。
有機物などに含まれる、糖質、窒素分、カリ分、尿素、金属質、など、ありとあらゆる物質へと分解され植物に優しく吸収されやすい状態にしてくれるのが発酵菌の作用でもあります。
菌を取り巻く自然のサイクルは、ほんの一部でしかありません。
細菌が働き雑菌が死滅され、肥料分が生成される。
植物が育ち、昆虫、動物が食す。また全ての世界で弱肉強食の世界が出来、死骸や枯草が発酵して肥料になる。
たとえそれが陸地、海、空中でも同じ現象が気候などが要因で、連鎖反応して繰り返し起きています。
最近では科学力が発達してある程度解明されています。
例えば最近話題のＥＭ菌と称されている細菌は多くの菌が連鎖反応を起こし発酵分解し、肥料分が生み出され、優良細菌と称される数多くの細菌が生き残り増殖すると言う研究結果が発表されています。
最先端の技術、研究チームではスペースシャトルなどの真空状態での細菌培養実験が進んでいます。
研究グループの見解ではあの猛毒とされているダイオキシンなどの有害物質を分解する力を細菌は持っていると言う報告や、分子構造までも分解する力があるようです。
残念ながら自然のサイクルがどこまで分かっているかと言うと、世界トップの研究機関でさえも依然解明出来ていないのが現実です。
我々は自然界で生きる生物として自然界のサイクルに逆らうことが出来ません。
自然のサイクルを利用することが出来る一つの手段が細菌が活動する作用でしょう。
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発酵菌の一部一覧表