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汎用生物兵器ＴＶ版のあらすじ
時は西暦西暦４７００年頃。
１４歳という若さながら実力のあるディグアウター（遺跡の調査・宝の回収を仕事とする）のロックは、猿型ロボットのデータ、サポーターのロールと供に、ある島の遺跡調査を開始する。
その遺跡は不思議とセキュリティーが甘く、何故かデータの様子が普段と違った。データは現代の科学力を超越した兵器「光刃」をロックに手渡し、自らも「重刃」を手に取る。時々はるか昔を思い出すように呟く言葉は、現在地上には残っていない過去２０００年間の歴史を知っているかのようであった。
その後、遺跡調査の中で、ロックたちは綾という少女に出会い、行動を供にすることになる。そして、彼女もまた「風刃」という兵器を持っていた。
ロックたちは、サブゲートで手にした３枚のIDカードでロックを解除し、謎の根源、メインゲートへの潜入を試みる。
その中で、一人の人格をもつリーバード（ロボットのようなもの）、ロックマン＝ジュノと出会う。そして、データは身体の枠を完全に脱し、遂に青年ドリッカーの姿を現した。
ドリッカーとジュノはロックに告げる。ロックが６００年以上冷凍睡眠に入っていたこと。ドリッカーとジュノはロックの兄であり、ジュノはリーバードに身体を売ったということ。ロールがローズという人間のクローンであるということ。そして、現在地上に存在する者達は、人間を型どって造った存在、デコイにすぎず、ロック・ドリッカー・ローズ・綾は世界にただ４人しか存在しない本当の人間の生き残りなのだと・・・
ロックが見守る中、ドリッカーとジュノは戦いを始める。それは同時に、魂のぶつかり合いでもあった。そして、ドリッカーは勝利する。しかし、その勝利は既にジュノによって予定されたものであった。
ジュノは自らの血によって「エホバ」を起動させようとしていた。
「エホバ」それはかつて人類が生み出した、あまりに強力で残虐な兵器だった。その起動のために人間の血を必要とし、かつて人類の９８％を死滅させたという。
まだ、時間はある。その起動を食い止めるため、ロック達は再びメインゲートへに足を踏み入れる。
そこに綾の姉を名乗る少女、愛が現れ、自分こそが汎用生物兵器TYPE-00であり、ロック達もまた汎用生物兵器なのだと告げる。
愛を加えた一行は探索を続ける中で、自分たちがいる場所こそがエホバの体内だと知った。
そして…… その奥深くにドリッカーの父、ライトのホログラフィーが現れ、ドリッカーに告げる。
「今に、お前の前に母親が現れ、お前に全てを教えてくれるだろう。」
隙をつかれ、ドリッカーは背後から攻撃を受ける。新たな血を得てエホバの起動は完全になろうとしていた。
その時、ドリッカーの腕には黒い光が集まり、背中に黒い羽が現れた。ドリッカーは覚醒した力を解き放ちエホバを一撃で粉砕した。
「・・・・父さん・・・・・俺はいつまで戦えばいいんだ？」ドリッカーは一人呟いた。
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