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「戦慄の核ジャック」
顔を隠した政府関係者「ビバリー」と言う女性から通信でアダムの率いるミュータントXに依頼が舞い込む。政府軍により守られているレーザー防御シールドが保管される軍事基地のセキュリティーシステムが厳重かどうかをチェックすることが目的だった。問題のシールドは12もの過激派グループに狙われており政府軍すらも信用できない状況であると「ビバリー」は説明する。ブレナンとジェシーはすでに現場に到着している。しかし基地内では不穏な動きが始まっていた。アダムは4人にレーザーを強奪されることだけは阻止するように命ずる。武装した襲撃集団がレーザーの補完場所に近付いて来た。ブレナンとジェシーは内部に侵入しようとするが、襲撃集団に襲われてしまう。殴られながらも保管場所へ壁を抜けて侵入したジェシーが見たものは神経ガスの立ち篭める中倒れた政府軍兵士を後目に襲撃集団がレーザーをトレーラーで奪い去るところだった。神経ガスをまともに吸ってしまったジェシーは再び外へ出ると倒れてしまった。襲撃集団がまんまとトレーラーごとレーザー防御シールドを鋼鉄のシャッターを突破して逃走するのを見て、ブレナンはジェシーを抱え退却した。
神経ガスの分子をまともに体内に取り込んでしまったジェシーはサンクチュアリの診察室でアダムの診察を受けている。吸い込んでしまったガスの分子がジェシーの分子構造に結びついてしまったのだった。中枢神経系の麻痺までは至らなかったがいずれガスの毒素は体内からぬけ切るがそれまでの間に無理はできない。シャリマーとエマが花を持ってお見舞いに来た。喜んだジェシーは起き上がって花を受け取ろうとした途端急に身体の分子密度の自由が効かなくなり勝手に希薄した状態に陥ってしまった。意識を集中させることで元に戻ったがジェシー本人も含め全員が驚くが、アダムは原因不明だと言う。
翌日武装襲撃集団はツインクリークス原子力施設の警備を突破して盗み出したレーザー防御シールドを敷地内部に運び込んでいる。サンクチュアリではアダムがジェシーの症状について神経ガスのせいで体密度を調節する神経がおかしくなっていることを突き止めシャリマーに説明している。分析によると力自体を失うわけではないが力を使うことが出来なくなっているのだ。ガスの毒素がぬけ切る前に再び体密度を変化させたりするとジェシーの身体は大気中に消滅してしまう恐れがあると言う。
武装集団のリーダーであるゴーモン大佐はツインクリークス原子力施設の敷地内でシールドを配備するように命令している。トレーラーの上でシートを外されたシールド装置はスタンドを上昇させ起動を待つばかりの状態になった。部下の一人が防御範囲は150・だと説明を受け大佐は「復讐するは我にあり」と意味深な言葉を呟きながら渡されたコントロールスイッチを押すと球形の装置から無数の攻撃端末が飛び出し空中に浮遊する。部下が足下の小石を拾って空中へ投げると各端末からレーザーが発射され小石は粉々に破壊されてしまった。大佐は原子力施設の職員を全員作業室に監禁するように命令し部下達は任務のため散っていった。
アダムは今回の依頼主である「ビバリー」に仲間のジェシーが危険状態にあることを教え武装集団の情報を知らせなかったことについて詰め寄っていた。「ビバリー」は武装集団のことは知らず調べた結果非常に危険な人物が裏で糸を引いていたことと、その人物についての情報をアダムに伝えた。それはかつて政府の極秘中の極秘である軍事情報部を率いていた人物で政府関係者には存在しない人物として扱われており、アダムも知らない事実だった。その人物は5年前に中近東で消息を断って以来死亡したと思われていた...。突然「ビバリー」からの通信が妨害されゴーモン大佐からのメッセージが割り込んで来た。大佐はかつて政府のどんな命令も勇敢に遂行したが祖国に裏切られ命を失った部下の12人の兵士達に慰霊金を支払うように政府に要求している。原子力施設の職員を人質にし24時間以内に1千万ドル全額をを払わなければかつてない悲劇が起こると言い放った。
大佐のメッセージを見たミュータントXのメンバー達にアダムが説明を加えた。ツインクリークス原子力施設は表向きは1年前に閉鎖したが極秘施設となり現在プルトニウムの百万倍危険な放射性混合物であるゼラクシアムと言う核燃料が開発されている場所だった。大佐が故意に事故を起こせばチェルノブイリをはるかにこえる壊滅的な事態が発生することは明らかだ。政府は報道管制を敷き20時間以内にミュータントXに事態を解決するように依頼して来たのだ。政府の情報筋を信頼するわけではないとしメンバーを危険に曝したくないアダムはメンバーに強制はしないと言うが、あまりの事の重大さにブレナンはアダムは信じるが信頼できないような情報に振り回されて何か起きたらどうするのだと語気を強める。
施設を完全に制覇した大佐は設置された起爆装置を褒めている。武装集団は炉心に手を加えることは出来ないはずだから施設を吹き飛ばすために冷却装置を破壊しようとすることは分かっていた。更に施設全体が盗まれたレーザー防御シールドで守られている。ジェシーは忍び込んで奇襲をかければ問題ないと言うが最大の問題があった。忍び込むのにうってつけなジェシーの能力が使えないことだった。エマは自分達に任せろと言って出かけるがジェシーはもう平気だと言って自分も行こうとする。しかしガスの毒素の抜け切っていないジェシーに力を使わせる訳にいかないアダムはサンクチュアリに残って施設のコンピュータに侵入して原子炉をオフにする作戦を手伝うように言う。しかし施設の制御室に侵入して直接働きかけた方が遥かに成功率が高いのは明らかだった。だがジェシーを送り込めば力を使わざるを得ない状況になった時に命を落とす危険があることが分かっているアダムはジェシーにどうしても許可を出す訳にいかなかった。
ブレナン、エマ、シャリマーはダブルヘリックスで出発の準備を整えている。そこへジェシーがやって来て自分の復讐を果たすことを皆に頼みに来た。ブレナンに施設内でジェシーが自由にアクセス出来るように取り付ける通信端末を渡そうとすると彼の手の密度が薄くなってしまい機器を落としてしまう。心配するエマに手が滑っただけと誤魔化し、必ずやり遂げてくれるように頼んでジェシーは降りていった。大佐の計略を潰す決意を新たにブレナン達は出発し、ジェシーはそれを見送っていた。
ツインクリークス原子力施設上空に到着した3人はステルス機能で機体を隠して着陸、ブレナンは見張りの警備兵を電撃で倒して門内に入る。見張り小屋内部にある配電盤にジェシーから渡された通信端末を取り付けようとするがブレナンは何処へ取り付けれいいのか迷ってしまった。
大佐は12枚の識別プレートを手に12人の英霊の為に祖国への復讐をすることを語っている。部下は祖国から脅し取った大金が英霊を慰めるだろうと皮肉を言う。それを聞いた大佐も金こそが権威の象徴だと今まで語っていたこととは裏腹に本音を吐く。
ようやっと接続を終えたブレナンに続いてエマとシャリマーも敷地へ向かい、ジェシーもシステムに侵入することを開始し監視カメラのビデオループを作り設定を済ませた。第二関門であるレーザー防御シールドにはブレナンが電撃でレーザーを一時的に中和させてシールドに穴をあけることに成功する。監視室では大佐が監視ビデオを見ていたが彼は異常に気付かなかった。だが部下がジェシーのビデオループを見破り既にミュータントXがセキュリティを破って侵入して来ていることに気付いてしまった。それを聞いた大佐は計画通りだと言って笑う。
防御シールド内に侵入したブレナン達は見張りがいないことに不審を抱く。アダムはエマとシャリマーに先ず閉じ込められている人質を解放し、その後はゴーモン大佐を倒すことに集中するよう、ブレナンには地下の冷却室に向かうよう指示を与えた。そばで施設のセキュリティシステムを調べていたジェシーは敵によってファイル構築を変えられてしまっているのでサンクチュアリからは原子炉を止めることは出来ないことを教える。しかしアダムはそれでもジェシーが行くことに許可を与える訳には行かなかった。やむなくジェシーはブレナンに冷却装置を壊すために中央冷却制御室への道順を伝える。指示通り部屋に忍び込んだブレナンの目に飛び込んで来たものは冷却制御装置に取り付けられた時限爆破装置だった。
大佐の部下がミュータントXの交信を傍受した結果ジェシーが同行していない事実を大佐に伝えると、大佐は何故早く報告をしないのかと怒鳴った。大佐には最初から政府が脅しに乗るようなことはなく一銭たりとも金を払うつもりはないことを知っていた。そして彼等の本当の目的はジェシーの能力を使ってゼラクシアムを奪うことであって、政府への脅しは単なる口実に過ぎないのであった。早速大佐はブレナン達の交信を妨害し今施設に侵入している彼等を追い詰めてジェシーを誘き出す作戦を部下に開始させた。
ブレナンが冷却制御装置に取り付けられた時限爆弾を解除するのにはジェシーの力が必要だ。監視カメラで爆弾の映像を見れるように操作をするジェシーにアダムは操作状況をオンラインにするように指示すると、敵は制御装置へのアクセスしか妨害出来ていないことが分かる。中途半端な敵の処理に罠を感じさせると警戒するアダム。ジェシーは映像が見れるようになり直ぐにブレナンに起爆装置へ繋がる電線を探すように指示を出す。
エマとシャリマーもセキュリティが厳重なはずの施設内で誰にも会わないことに不審を抱き、全員が罠の存在を確信し始めたその時突然全員との通信が途絶えてしまう。ミュータントXの使用する通信リンクは普通の周波数帯とは違うため彼等の侵入が既に敵に知られていることが判明した。アダムが懸命に通信リンクのルート変更を試みている間に背を向けるアダムに黙って部屋を抜け出すジェシー。
ミュータントXの通信を遮断した大佐はこれで選択の余地もなくジェシーが施設に向かってくることを確信している。通信リンクが途絶えたことに気付いたエマとシャリマーの前に大佐の部下達が武装して現れた。エマが精神攻撃ですかさず敵を倒す。
ふとアダムが振り向くとジェシーがいない。通信映像でジェシーがシャリマー達を助けるために施設に向かったことが分かった。大佐の罠が明らかになった今サンクチュアリに残るべきじゃなかったと後悔するジェシーにアダムはここに残って欲しいのだと言ってジェシーの行動を止めようとする。しかし決して無茶はしないと約束するジェシーにアダムは気をつけるようにと言うしかなかった。
エマとシャリマーは更に奥に進み、ブレナンは通信が途切れたことにより爆弾解除に苦戦しながらジェシーがいてくれたらとこぼしている。そこへ大佐の部下が銃を持って現れるがブレナンは電撃で倒す。しかし直後に現れた大佐はブレナンの攻撃前に彼の頭上のスプリンクラーの配管を破壊して水で電撃攻撃を封じ込めてしまう。ブレナンの叫び声を聞いたエマ達が駆け付けると水たまりの中で自分の電気で感電して苦しんでいる彼を見つける。
二人はすぐに水からブレナンを引き上げ蘇生術を施す。息を吹き返した彼を見てエマの制止も聞かずにシャリマーは大佐を追って行く。爆弾は後3分で爆発してしまう。監視モニターでジェシーが到着したことを知って喜ぶ大佐。ジェシーは兵士達の監視の隙をついて禁じられている能力を使って施設建物内に侵入して来た。爆弾の前ではブレナンとエマが何とか解除しようと苦戦している。兵士達の動きを見ながらシャリマーは大佐を探し続けていた。ジェシーは制御室に忍び込むと操作板に向かい作業を始めるが背後から妙な物音を聞く。背後のロッカーをあけるとソフィアと名乗る女性助手職員が隠れていた。兵士達が近付いて来たためジェシーは壁を抜けて一旦ソフィアと隣室に隠れるが再び制御室に戻った直後にまた身体が異変を起こし倒れる。失神しそうな状態になりながらも元に戻ったジェシーはソフィアと共に3つ有るうちの最後のアクセスコードの解読にかかる。
何とかメンバーと連絡を取ろうとするアダムの通信を傍受することに成功した大佐は、真の目的を聞くアダムに全てが終わった後にジェシーに聞くように言って通信を切る。大佐が懐から小型の装置を取り出したところにシャリマーが部屋に現れ部下をひとり殴り倒す。それを見た大佐はその小型装置を盾に下手に動けば全員が核爆発で死ぬと脅しはじめる。制御室でアクセスコードを解読し終えたジェシー達はサイレンを聞き、シャリマーは大佐の手から爆弾の遠隔装置を叩き落とすが直ぐに兵士達に囲まれ大佐は装置のスイッチを入れてしまう。爆弾解除に奮闘していたブレナンとエマは遠隔操作からの爆破指示を見て避難した。その直後に爆弾が炸裂、冷却制御装置が破壊されてしまった。
ゴーモン大佐が遠隔装置で爆破したことを知ったブレナン達はシャリマーの行方を探している。ジェシーも大佐が爆破したことを知りソフィアから冷却装置が壊れた今ゼラクシアムを取り外して核の連鎖反応をとめる以外は方法がないことを教えられる。ジェシーはそれを聞くと有る決心をする。大佐から核爆発を止められるのは大佐自身ではなくミュータントXの仲間以外にないと聞かされたシャリマーは兵士達に倒され倉庫に閉じ込められてしまった。サンクチュアリではアダムは政府関係者の「ビバリー」に今回の事件の全容を話しジェシーの能力を利用してゼラクシアムを奪うために核融合を敢えて誘発したことを知らせた。
ソフィアはジェシーに放射線防護服を着せながら炉心に近付いてゼラクシアムを取ってくるように指示するがジェシーの先程の異変を心配している。ブレナンとエマは電子ロックにより閉じ込められたシャリマーを電撃解除で救い出す。ジェシーは圧さ45cmの壁を通り抜け炉心のロックを外してゼラクシアムを守備よく取り出した。何とか制御室にゼラクシアムを持って戻って来たジェシーは再び体調の異変を訴えている。しかしそこへ銃を構えたゴーモン大佐が入って来て無事に取り出されたゼラクシアムを見て笑みを浮かべソフィアを「軍曹」と呼び彼女の謀略を讃えた。そう、職員と偽ったソフィアは大佐の部下だったのだ。まんまと騙されたジェシーはソフィアが銃を向けた途端に希薄化し床を抜けて階下のシャリマー達の目の前に落下した。通信を回復させたアダムの元にブレナンがジェシーの容態を伝える。ジェシーの希薄化した身体がすぐに元に戻らなければ空気中に飛び散ってしまうことを警告した。
アダムはブレナンに彼の能力を使って電磁シールドを作りジェシーの身体が飛び散るのを防ぐように指示する。皆が励ます中何とか身体を固体化させたジェシーにアダムは最初から大佐はミュータントXを利用していた事実を告げた。ゴーモン大佐とソフィアはレーザー防御シールドを解除し装置を載せたトレーラーで逃走を始める。持ち直したジェシー達はそれをヘリックスで追う。
ジェシー達の追跡に気付いた大佐は再び防御シールドを展開させる。それを見たジェシーはヘリックスの発電機から電磁パルスビームを発射することを提案する。そのためにヘリックスのエンジンを切るため動力が停まってしまうがジェシーはヘリックスを指示に従って強制着陸させるように言う。配線を整えたジェシーの合図の元に電磁パルスビームを発射しヘリックスは強制着陸、大佐のトレーラーは動けなくなってしまった。銃を構える大佐とソフィアの前に現れたジェシーに降伏を促すが、彼にレーザー防御システムを解除していないことを指摘された大佐達は己の奪って来た武器で一瞬にして蒸発してしまった。身体を硬質化してレーザーを逃れたジェシーは大佐の持っていた、焼け残った識別プレートを手にとった...。
サンクチュアリに戻ったジェシーは、アダムの診断により神経ガスは完全に体内から消えたことを教えられる。ピンチを切り抜けたジェシーの元に仲間達が見舞いに訪れ彼の無事を喜びあった。