batを使うよりも環境変数を登録しておいた方が良さそうです。cygwinで利用するときのことを考えると。
Jamfileによってはdefaultがdebugのみになっているため、ルートで指定されているもの以外を使用する場合にはbjam -sBUILD=release -sTOOLS=msvc-stlportあるいはbjam -sBUILD="debug release" -sTOOLS="msvc msvc-stlport"というように明示的に指定した方がいいのかな？
jamのバージョンによってはパスが通っていないことがあります。その時、ファイルやフォルダ名に空白がある場合には、以下のように入力することになります。-sVISUALC="\"\"D:\Program Files\Microsoft Visual Studio\VC98\"\"" - sMSVCDir="\"\"D:\Program Files\Microsoft Visual Studio\VC98\"\""